Durante siglos, San Ciprián fue utilizado como puerto y fondeadero, posiblemente desde los albores de la humanidad, puesto que sabemos que este lugar estuvo habitado en la prehistoria por asentamientos que, ya de aquella, consumían productos del mar.

En 1933, el llamado puerto era en realidad un abrigado fondeadero para buques de mediado porte formado por el islote Anxuela y la  península de San Ciprián. Pese a sus buenas condiciones naturales, carecía de obra ninguna que permitiese realizar con comodidad las operaciones de carga y descarga de pesca y mercancias. El islote Anxuela hacía a las veces de dique natural, proporcionando un grande abrigo.

Era indudable que, como mínimo, convenía construír en San Ciprián un muelle-embarcadero donde pudiesen atracar los barcos de cabotaje. Es así como empiezan las obras portuarias, a partir de la década de 1930. La construcción del muelle finaliza en los años cuarenta.

Hoy en día el muelle conserva la construcción original, aunque sufre una serie de reparaciones y mejoras.

En el 2003 se realizan mejoras de abrigo en este puerto con la construcción de un espigón de protección de 26 metros de largo y 5 de ancho para proteger el muelle de los temporales

En la actualidad, el puerto de San Ciprián está formado por un muelle de ribera de 120 metros de linea de atraque, con calados inferiores a 4 metros.

Destacar que cuenta con los siguientes servicios:

• Cofradía
• Lonja
• Casetas de pescadores
• Marina seca
• Grúa
• Surtidor de combustible